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Defining Suitable Reference Genes for RT-qPCR Analysis on Intestinal Epithelial Cells.

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Defining Suitable Reference Genes for RT-qPCR Analysis on Intestinal Epithelial Cells.

腸上皮細胞の上でRT-qPCR分析のために適切な参照遺伝子を定義すること。

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Author

Maria Sirakov, Marco Borra, Francesca Maria Cambuli, Michelina Plateroti

Affiliation

Laboratoire de Génétique du Développement, Université Libre de Bruxelles, Institut de Biologie et de Médecine Moléculaires (IBMM), rue des Profs. Jeener et Brachet 12, 6041, Gosselies, Belgium, maria.sirakov@ulb.ac.be.

Abstract

The study of the mammalian intestinal epithelium concerns several aspects of cellular and molecular biology. In fact, most of these studies aim to define molecular components or mechanisms related with the control of stemness and the balance between cell proliferation and differentiation in physiopathological conditions. It is worth mentioning that real-time quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-qPCR) approaches are commonly used, but only a few studies are available regarding suitable reference genes to normalize gene expression data. The present study was designed to validate potential reference genes in freshly isolated proliferating or differentiated epithelial cells from the mouse intestine. We also extended our analysis to the IEC6 intestinal epithelial cells, as a promising model to study intestinal physiopathology in vitro. The stability of six potential reference genes (Hprt1, Ppia, Gapdh, Rplp0, Ppib, and Vil1) has been tested both in epithelial cells isolated from the mouse intestine and in the IEC6 cell line. The software programs-geNorm and Normfinder-were used to obtain an estimation of the expression stability of each gene and, by comparing the results, to identify the most suitable genes for RT-qPCR data normalization. These multiple approaches allowed us to select different suitable reference genes for the correct quantification of mRNAs depending on the differentiated or proliferative nature of the cells.

 

哺乳類の腸上皮の本研究は、細胞および分子生物学のいくつかの側面に関する。
実際に、大部分の本研究は分子構成要素を定義することを意図する、または、機序は生理病理学の条件でstemnessの制御と細胞増殖と分化の間の釣合いに関した。
それはリアルタイム定量的逆転写-ポリメラーゼ連鎖反応(RT-qPCR)アプローチが一般的に用いられると述べる値する、しかし、ほんの少数の調査だけは遺伝子発現データを正常化するために適切な参照遺伝子に関して利用できる。
本研究は、マウス腸から最近孤立した増殖性または分化型の上皮細胞の潜在的参照遺伝子を確認するようになっていた。
生体外で腸生理病理学を勉強する有望なモデルとして、我々もIEC6腸上皮細胞に分析法を応用した。
6つの潜在的参照遺伝子(Hprt1、Ppia、Gapdh、Rplp0、PpibとVil1)の安定性は、マウス腸から分離される上皮細胞で、そして、IEC6細胞系で試験された。
ソフトウェア・プログラム-geNorm、そして、Normfinder-各遺伝子の発現安定性の評価を得て、結果を比較することによって、RT-qPCRデータ正常化のために最も適切な遺伝子を特定する用いられた。
これらの複数のアプローチは、我々が細胞の分化型であるか増殖性質によってmRNAの正しい定量化のために異なる適切な参照遺伝子を選択することができた。


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